Barry Allen alias The Flash (Ezra Miller) arbeitet mittlerweile als Kriminalermittler bei der Polizei von Central City. Als „The Flash“ ist er außerdem ein Mitglied der Justice League – einem Team aus Superhelden rund um Batman, Superman, Wonder Woman und Co. Seine Superkraft besteht darin, dass er sich mit übermenschlicher Geschwindigkeit durch Raum und Zeit bewegen kann. Damit plant er, die Vergangenheit zu manipulieren, um so den Tod seiner Mutter (Maribel Verdú) zu verhindern und die Unschuld des ursprünglich für den Mord an ihr verurteilten Vaters (Ron Livingston) zu beweisen. Dabei verstellt Barry Allen jedoch aus Versehen eine Stellschraube in der Zukunft, sodass er in einer Realität landet, in der General Zod (Michael Shannon) mit der Vernichtung des Planeten droht. Das Problem: Viel Widerstand kann sich gegen diesen Plan nicht regen, denn in dieser Realität gibt es keine Superhelden, die Zod aufhalten könnten. Außer diesem einen Batman (Michael Keaton), der eigentlich schon lange im Ruhestand ist. Die Geschichte lehnt sich an die Handlung im Buch „Flashpoint“ an, indem mehrere Figuren der DC Comics vorkommen, darunter auch gleich zwei Batman-Versionen, die jeweils von Michael Keaton und Ben Affleck gespielt werden.